BONO zagotavlja, da je spletno mesto, na katerem oddate naročilo, popolnoma varno. Z uporabo SSL-povezave se vsi podatki prenašajo prek šifrirane povezave med strežnikom in obiskovalcem. SSL-povezavo prepoznate po URL-ju (https://www.bonohealth.si).

Poleg tega BONO-jevo spletno mesto dvakrat letno pregleda zunanja organizacija zaradi morebitnih ranljivosti.

BONO prav tako uporablja Shopify. Shopify je podjetje, ki se osredotoča na varen in enostaven način upravljanja spletne trgovine. Več kot 1000 razvijalcev programske opreme pri Shopify vsakodnevno preverja programsko opremo zaradi ranljivosti. To še dodatno povečuje varnost uporabe BONO-jevega spletnega mesta.